Часопис заснований як видання Українського богословського наукового товариства (УБНТ). Перший номер журналу вийшов у Львові 1923 р. під редакторством о. д-ра Й. Сліпого. Завдяки його наполегливості часопис регулярно видавався впродовж 17 років і був єдиним українським богословським науковим журналом на західноукраїнських землях та в еміграції. Заснований як квартальник з обсягом видання приблизно 300 стор. за рік.

Події II світової війни і переслідування УГКЦ у післявоєнний час унеможливили видання «Богословії». З 1939 до 1942 рр. вийшов один том журналу XVII-XX.

Лише після звільнення Патріярха Йосифа з ув'язнення і переїзду його до Риму 1963 р. випуск журналу відновлюється. Щоб підкреслити неперервність, перше післявоєнне число виходить у Римі за роки 1943-1963. Редактором закордонного видання стає о. д-р Іван Хома. Журнал залишається квартальником, але виходить одним томом на рік, вміщаючи 4 книги.

У 1997 р. «Богословія» повертається на рідні землі, і т. 61-62 (1997-1998) видається вже у Львові. Головним редактором видання стає о. Іван Гаваньо, ліценційованій магістр богослов'я, докторант Люблінського католицького університету.

З 1999 р. «Богословія» стає спільним виданням УБНТ і Львівської Богословської Академії, а після інавгурації Українського Католицького Університету – спільним виданням УБНТ і УКУ.